Здравствуйте.
Конфигурация 5.0.91.4.
Оформил человека заместителем другого документом Замещение, указал там процент доплаты от ставки заместителя. Сформировал ТУРВ, там 2 строчки по человеку: по своей работе и по замещению. Далее делаю документ Начисление процентом, указываю расчет "от ставки", дробь 1/1, ставлю галку "за время". В настройках указываю "определять отработанное время по ТУРВ", указываю Оплачиваемое время = отработано за период и указываю период месяц.
Добавляю моего человека в документ и у него автоматически рассчитывается отработанное время как сумма его времени и времени замещения (т.е. в 2 раза больше, если за полный месяц). И всё это время просто умножается на часовую ставку человека. И никакого учёта процентов надбавки, указанном в документе Замещение.

p.s.
Патчи EF_50_00007056, EF_50_00007037, EF_50_00005479 до сих пор недоступны для скачивания с www.kaminsoft.ru/component/sppkamin/spppatchlist.html

Приведите скриншот документа "замещение".

Замещение

А надбавки в замещении указаны?
Или вам необходимо отдельно рассчитать - почему используется "начисление процентом".
Пожалуйста, опишите подробнее.

Надбавок в замещении нет. Если указан процент - этого не достаточно?
История такая:
Зарплату за декабрь выплатили в конце декабря. В результате на январь осталась выплата только аванса за первую половину месяца. Но законодательство требует делает выплаты дважды в месяц, поэтому выплату аванса разделили на 2 части.
Первую часть не начисляли, а сразу сделали документ выплата на 13.01.23 и указали там процент и пропорционально отработанному времени (замещения там вообще не учитывалось - так нам и нужно было).
Вторую часть аванса (за вторую часть месяца) документом Выплата сделать не получилось, т.к. в документе нельзя указать период (с 14.01.23) для анализа отработанного времени. Но период можно указать в документе Начисление процентом, поэтому вначале делали этот документ, и затем документ Выплата по этому начислению.
И вот в начислении процентом уже учитывалось замещение (хотя нам этого не надо, но отключить нельзя)  и просто просуммировалось время работы сотрудника своё и по замещению. В результате и сумма начисления увеличилась.  

В ТУРВ удалите строку с замещением, чтобы время по замещению не учитывалось.
В дальнейшем, при заполнении ТУРВ используйте кнопку "подбор" без флажка "с учетом замещений".
Будут заполнены данные только по основному месту работы.

На текущий момент данный подбор работает некорректно, о чем зафиксировано несоответствие.