Здравствуйте!   ЛНА не предусмотрено включение в средний заработок для отпускных  квартальные премии, где в программе можно сделать чтобы не считались они??

В справочнике "начисления" откройте "отпускные". На закладке "База" проверяйте настройку.
В левой таблице "начисляется на" должны быть выбраны только те начисления, которые входят в базу для расчета среднего заработка.
Перенесите из нее "квартальную премию" в правую таблицу "не начисляется на"