Программа: 1С-КАМИН:Зарплата. Версия 5.0 (5.0.73.3) (Тестовый режим работы)
Установлены "галки" в настройке:
Использовать табель учета рабочего времени;
Производить расчет доплаты за сверхурочные, ночные ...;
Производится оплаты работы в выходные и праздничные.

Один работник со ставкой 40000 руб/месяц. Заведен документ Начало месяца (май), установлены нормы времени для 5-дневки: 20 дней, 160 часов. Заведен документ ТУРВ, где работнику указаны: РВ 5 часов на 01.05 (праздник) и РВ 5 часов на 02.05 (выходной).
Заведен документ Табель, в настройках галка "оплачивать выходные и праздничные дни в %" УБРАНА. Табель заполняется только отработанными днями по норме времени (20 дней,160 часов).
Заведен документ "Расчет за сверхурочные, ночные и праздничные дни", в настройках указана галка "производить расчет за работу в выходные и праздничные дни", процент оплаты 200%, единица измерения Часы.
Производим заполнение, получаем результат: Вид расчета ""РВ" за выходные и праздники", дней 2, часов 10, сумма 5000 (40000/160*10*200%) . Всё верно.
Заходим снова в настройки и дополнительно ставим галку "оплачивать отдельно рабочие дни, приходящиеся на праздники".
Производим заполнение, получаем результат:
Первая строка: Вид расчета ""РВ" за выходные", дней 1, часов 5, сумма 2500 (40000/160*5*200%) . Верно.
Вторая строка: Вид расчета ""РВ" за праздники", дней 1, часов 5, сумма 1250 НЕ ВЕРНО.

В процедуре РасчетТабеляСервер.РассчитатьОсновноеНачисление видим код:
Если ТекВложеннаяСтрока.СистемаОплаты = """РВ"" за праздники"
        Или (СтруктураПараметров.ФлажокСуммаДоплатыЗаВыходныеОтдельнойСтрокой
        И (ТекВложеннаяСтрока.СистемаОплаты = """РВ"" за выходные и праздники"
        Или ТекВложеннаяСтрока.СистемаОплаты = """РВ"" за выходные")) Тогда
        ПроцентДоплатыЗаРВ = Макс(СтруктураПараметров.ПроцентДоплатыЗаРаботуВВыходные - 100, 0);
    Иначе
        ПроцентДоплатыЗаРВ = СтруктураПараметров.ПроцентДоплатыЗаРаботуВВыходные;
    КонецЕсли;

Реквизита ФлажокСуммаДоплатыЗаВыходныеОтдельнойСтрокой в документе РасчетЗаСверхурочнуюРаботу нет, поэтому он всегда ЛОЖЬ. В результате процент начисления за работу в праздники уменьшается на 100 при попытке отделить начисления  работы в праздник от работы в выходной.

Добрый день. Настройка называется: "оплачивать отдельно рабочие дни, приходящиеся на праздники" и подсказка, при наведении курсора - Рабочее время, приходящееся на праздник, из строки с окладом не вычитается. Начисление рассчитывается отдельной строкой - этот вид доплаты относится к сменным графикам работы, когда 100% уже оплачено за рабочую смену по графику и нужно доплатить.