Добрый день. Сотрудник временно был переведен документом Замещение на работу в другое подразделение без освобождения основного места работы.
При расчете постоянного удержания Профсоюзные взносы в базу берутся только суммы, начисленные по подразделению по основному месту работы. Сумма, начисленная по второму подразделению в расчет не берется.

На данный момент, Вы можете воспользоваться документом Удержание, где указываете вариант удержания, как процент от базы, указываете величину процента, предварительно настроив Базу для Удержания в справочнике "Виды удержаний".
Зарегистрировано Предложение №3879(добавить в документ Замещение возможность указать Постоянные удержания замещаемого сотрудника), и передано в отдел разработки на рассмотрение возможности реализации.

Возвращаюсь к этому вопросу. Смоделировала ситуацию, все рассчиталось корректно.
Проверьте настройку базы для постоянного удержания.
Предложение №3879 отклонено т.к база для удержания определяется начислениями сотрудника, которые у него были в течение месяца.
Мои действия.
1. Например создать в справочнике "Удержания" новое удержание "Проф.взносы"
У меня База для этого удержания Оклад, Месячная премия.
2. В справочнике "Сотрудники" у каждого сотрудника на закладке "Удержание" добавить удержание "Проф.взносы" и величину процентов.
3. Документ Замещение без освобождения от основной работы.
4. Табель, где формируются суммы по основному месту и по замещаемому.
5.Документ "Расчет постоянных удержаний" в котором указать в поле удержание "Проф.взносы", добавить сотрудника, рассчитать. Процент рассчитался от "база осн.+база замещения"