Здравствуйте. Сталкивался ли кто-нибудь с такой проблемой. В документе НДФЛ за июнь 2015 стояла одна (правильная сумма), ни каких перерасчетов не происходило, могла ли сумма измениться после обновления (бухгалтер утверждает, что после него). Установить правильные суммы можно теперь только корректировкой?

"После обновления" - это одна из первых причин у пользователей в результате каких-либо не правильных действий. Проверьте документ по журналу регистраций, а именно, когда он проводился последний раз. А лучше сравните с архивной базой. Перед обновлением Вы ведь делаете архив?