Рассчитываем отпуск и больничный по новому методу с удержанием НДФЛ в выплате. В выплате НДФЛ посчитался, но когда считаем Документ НДФЛ в конце месяца , то у людей повторно попадают суммы с дохода 2300 и 2012. Соответственно в своде по НДФЛ и в расчетке видим удвоение суммы НДФЛ с доходов 2300 и 2012. При расчете НДФЛ стоит галка "учитывать ранее рассчитанный НДФЛ текущего месяца"

Проверьте все настройки (начисления, константы, коды дохода).
Перепроведите доки.
Док НДФЛ пересчитайте и перепроведите.