Начислили мат.помощь два раза в месяце.
В регистре расчета НДФЛ при выплате скидка отразилась оба раза.
Делаем межрасчетную выплату. Предоставляется скидка в размере 8000 руб.
Перенес второй документ на февраль. Скидка предоставилась и в январе и феврале.

И за 2015 год делает тоже самое. Клиент перепровел документ и тут сюрприз с двойным вычетом.

Я тоже столкнулась с подобными сюрпризами. Иногда помогает отмена всех последующих выплат и расчетов НДФЛ в текущем месяце, т.к., похоже, они на размер вычета . Кроме того, вычеты на матпомощь , если они предоствлены в межрасчетной выплате, могут не отразиться в справке 2-НДФЛ,своде по НДФЛ и налоговом регистре...