Министерство1 присоединяют к министерству2 в середине месяца (17.02.2015). Министерство2 ведет расчет зарплаты в Камин 3.5.
Как оформить перевод сотрудников в базе министерства2?
Какие даты, номера приказов нужно указать в документе прием?
Я так понимаю, что в карточке сотрудника приказ о приеме на работу должен стоять министерства1, а приказ о переводе (17.02.2015) нужно указать в документе "Изменение".
В документе "ВхСальдо" указываем базу для расчета по среднему для отпусков, но база попадает только за период с 17.02.2015. Данные из документа вх. сальдо за февраль игнорируются.

Не совсем понятна суть вопроса:
1) министерства - это разные юрлица и учет ведется именно по ним, а не учреждениям в составе министерства?
2) учет ведется обоих министерств или только министерства 2?
В любом случае, из министерства1 Вы должны уволить, а в министерство2 принять.
Документ входящее сальдо обычно вводят 31 декабря предыдущего года.

До 17.02.2015 министерства были разные юрлица. С 17.02.2015 проходит реорганизация путем присоединения Мин1 к Мин2. Базы по зарплате - разные.

В соответствии с Трудовым кодексом
Статья 75. "Трудовые отношения при смене собственника имущества организации, изменении подведомственности организации, ее реорганизации, изменении типа государственного или муниципального учреждения "
....
Изменение подведомственности (подчиненности) организации или ее реорганизация (слияние, присоединение, разделение, выделение, преобразование) либо изменение типа государственного или муниципального учреждения не может являться основанием для расторжения трудовых договоров с работниками организации или учреждения.



То есть получается что это не увольнение/прием а обычное перемещение. Компенсации за неиспользованный отпуск не может быть и речи. Мне еще не ясно пока как быть с НДФЛ и страховыми взносами.