Возникла необходимость рассчитывать зарплату 2 раза в месяц, подскажите, как это реализовать правильно в программе?

Формируете Табель учета рабочего времени за один период, на основании которого создаёте Табель универсальный (в настройках указываете "формировать по данным табельного учета и период), затем аналогично создаёте Табель учета рабочего времени и Табель универсальный на второй период.

Табель учета рабочего времени и Табель универсальный с 01.03.15-15.03.15 (один период) создались олично, Табель учета рабочего времени (второй период)с16.03.15-по 31.03.15, а вот Табель универсальный в настройках не формируется с 16.03.15, а только с 15.03.15. В чем причина?