Здравствуйте.
1. В табеле универсальном появляются лишние надбавки по замещениям, если на закладке Надбавки документа Замещение не установлены флажки. Это происходит, когда сотрудники добавляются через помощник подбора: в модуле формы обработки НачислениеТабель перед строкой 1659 не очищается л_ТаблицаНадбавокСотрудника.
2. При расчете (Рассчитать одного) строки с замещением вся строка удаляется

В релизе 43.2 никаких изменений по этим вопросам...