В камине 2.0 была возможность распределить больничный от работодателя или отпуск на бюджет и внебюджет, а как это сделать в камине 3.5?

В Больничном: на закладке общие указываете куда относить, а на закладке Распределение - проверяете и меняете. Но, к сожалению, нельзя распределить в зависимости от зарплаты, распределенной на разные затраты.
В Расчет по среднему (отпуск, командировка): на закладке Расчет базы смотрите базу распределения по статьям и КПС, а на закладке Расчет суммы - исправляете, если не нравится.