В организации есть несколько подразделений, находящихся в разных районах. Соответственно НДФЛ перечисляется в разные налоговые инспекции. Как такой учет можно реализовать в Камин 3.5 Расчет заработной платы для бюджетных учреждений?

К сожалению никак. Эта проблема так и осталась нерешенной. По своему опыту предложу следующее. Сотрудники работают в разных подразделениях, следовательно, НДФЛ нужно удержать отдельным документов на каждое подразделение, и Перечисление НДФЛ станет легче распределять. А где-то в exel-таблице вести реестр по начисленному, перечисленному платежными поручениями и занесенному перечисленному в программу НДФЛ с разбивкой по ОКТМО.
Самое плохое в такой ситуации, когда работник переводится из одного подразделения в другое, где НДФЛ платится по другому ОКТМО. Сдавать справки по окончании года на такого сотрудника, а их нужно 2, приходится из других программ, например, Налогоплательщик ЮЛ, чтобы правильно распределить по ОКТМО в течение года