Чудеса в выплате за 1 половину месяца привели к тому, что НДФЛОбороты и ДвиженияПоЗарплатеОбороты.НУ (где НУ удержание НДФЛ) не совпадают.
Поэтому различаются свод универсальный и свод НДФЛ, а в расчетном листе удержания в табличной части и в итоге

Добрый день.
Установите актуальный релиз 3.5.107.3 и попробуйте переформировать выплаты последовательно.

У нас все на последнем релизе. Это 107.3?

Судя по суммам, скорее всего есть настройка для КПС (КБК) не применять вычеты. Вычет распределился не равномерно. Так смоделировать не получается.

Я думаю дело было так. Выплату за первую половину месяца делаем рано, чтобы заказать деньги на ЦБ, поэтому был релиз 107.2. Потом обновила до 107.3. И начали делать изменение ставок, проверять стандартные вычеты (кто-то не предоставил справок, что дети студенты - им сняли, кто-то надумал получать), делать выплату зарплаты (у нас реорганизация: 33 учреждения уходит в образовательный центры с 24 по 28 января - не смейтесь над нашим горем). И тут полезли проблемы с вычетами. Пришлось для разных случаев (отменять или добавлять вычеты) переделывать выплату за первую половину, сохраняя доход, налог и выплату, то есть менять в помощнике суммы. Почему после проведения в табличной части НДФЛ налог встает косо? А из-за этого разница с сводах и расчетном листе

Добрый день.
К сожалению повторить ваши действия не представляется возможным. 
Переформируйте выплаты последовательно для дальнейших расчетов.