У сотрудника два вычета 138 и 139, оба по 12000. В выплате за первую половину месяца доход 10400. Движение вычеты стандартные 138 12000 139 12000, фактически предоставленные вычеты 138 10400. Весь доход за месяц 26000. Выплата на конец месяца правильная. В движении выплаты на конец месяца  фактически предоставленные вычеты 138 1600, 139 нет.
В расчетном листе вычеты 24000, налог с 2000 260 руб.
Свод НДФЛ  вычеты 24000,  вычеты предоставленные 12000, налог, рассчитанный в отчете, краснит.
Делаем корректировку фактически предоставленных вычетов 139 12000. Если свод НДФЛ без типа дохода - красиво, с типом дохода рвет на две строки. 
Проблема у тех, у кого вычеты больше выплаты за первую половину месяца
К сожалению даже после обновления до 107.3 ситуация не изменилась.

Другая ситуация. У сотрудника стандартных вычетов на 66000. Это приемный родитель, у них только выплата за месяц. Доход 49000, налога нет.
После обновления фактически предоставленные вычеты в своде НДФЛ встали правильно, и с справке 2-НДФЛ тоже. А в расчетном листе 66000.

Добрый день.
Спасибо за информацию. Несоответствия № 3674 и 3675 переданы в отдел разработки.