Здравствуйте. Подскажите, пожалуйста, сотрудник работает по осн месту работы и по внутр.совместительству. Вычет должен предоставляться только по осн месту работы. Вычет в приеме по осн месту работы показали, но при удержании НДФЛ вычет предоставляется по обоим статусам. как быть? 

Добрый день.
Стандартный вычет положен сотруднику, не статусу работы. Поэтому при расчете НДФЛ вычет будет предоставлен пропорционально.
Вы можете для КБК указать настройку Не применять вычет для определенной аналитики. Либо формировать документы Выплата по разным местам работы с настройкой Не применять вычет.