Почему в документе НДФЛ реквизит УчитыватьНДФЛПриВыплате изменил тип с булева на число?  Это так и должно быть или не обновлять?

Да, так и должно быть.

В модуле документа НДФЛ есть строки типа
        Если УчитыватьНДФЛПриВыплате
            И (ТекСтрокаТаблицаДокумента.ВидДохода.РасчетНДФЛПриВыплате или Год(Дата) > 2022)
            И КонецМесяца(ДатаВыплаты) = КонецМесяца(Дата) Тогда
 Обычно так показывают, что значение истина

И строки
                    Если  (УчитыватьНДФЛПриВыплате = 2 И ЗначениеЗаполнено(ДатаВыплатыДокумента))
                        Или (УчитыватьНДФЛПриВыплате = 1 И КонецМесяца(Дата) = КонецМесяца(ДатаВыплатыДокумента)) Тогда   
                        СтруктураСотрудник.Сотрудник = ТекСотрудник;
                        МассивВычетов = ТаблицаВычетовЭтогоДокумента.НайтиСтроки(СтруктураСотрудник);
                        МассивНеПредоставлять = л_ТаблицаВычетов.НайтиСтроки(СтруктураСотрудник);
                        
                    ИначеЕсли (УчитыватьНДФЛПриВыплате = 1 И КонецМесяца(Дата) < КонецМесяца(ДатаВыплатыДокумента))
                        Или УчитыватьНДФЛПриВыплате = 0 Тогда 
Тут понятно, что число.
Страшно обновлять: 13 декабря зарплату закрываем. Все правильно отработает?

МКУ

В модуле документа НДФЛ есть строки типа
        Если УчитыватьНДФЛПриВыплате
            И (ТекСтрокаТаблицаДокумента.ВидДохода.РасчетНДФЛПриВыплате или Год(Дата) > 2022)
            И КонецМесяца(ДатаВыплаты) = КонецМесяца(Дата) Тогда
 Обычно так показывают, что значение истина

Есть один нюанс: при обращении к числу как к булеву значению происходит неявное преобразование типа.
Проще говоря, "0" воспринимается как "Ложь", а любое ненулевое число -- как "Истина".

Так что всё в порядке: и "1", и "2" -- это "Истина".

Большое спасибо