В первом квартале инвалиду ставит код НР и не заполнил таблицу 2,1 по коду тарифа 03, исправили руками на ООИ и заполнили таблицу руками, подали все прошло.
Сейчас при заполнении полугодия ставит этому сотруднику минусом сумму по 1 кварталу по коду НР, второй квартал заполняет правильно и ставит код ООИ и заполняет таблицу 2,1 по коду тарифа 03.
Как быть, налоги все считает правильно.

Убирать руками НР с минусом, т.к. программа пересчитала 1 и 2 кв. как правильно на инвалида и вам надо было делать корректировку за 1 кв. Но в 1кв вы "исправили руками на ООИ и заполнили таблицу руками" и ПФ не увидит это движение.

Здравствуйте.
Уточните, по истории инвалидности: с какого числа сотрудник "инвалид".
Сформируйте Свод отчислений и налогов с настройкой "расчет + проводки""только расхождения" помесячно, начиная с января 2014 года. Обратите внимание на колонку "разница". Она должна быть пустая.