Если вы реально выплачиваете зарплату за январь 31 января, то документ НДФЛ можно не вводить. Еще обратите внимание - в документе НДФЛ стоит дата выплаты 10 февраля, т.е если ведомости на выплату не проведены, то сальдо ЗП за январь становится доходом февраля и соответственно рассчитывается налог за февраль, возможно с вычетами, если не установлена галочка в настройках.
А вообще порядок таков, вывела путем тестирования в нескольких организациях.
1. выплачиваем ЗП за первую половину месяца.
2. начисляем полную ЗП в конце месяца.
3. Если окончательную ЗП выплачиваем в месяце начисления, то документ НДФЛ не вводим. Достаточно выплаты ЗП с помощником "выплата ЗП"
4. Если ЗП выплачиваем в следующем месяце за начислением, то вводим документ НДФЛ - дату выплаты ставим первое число следующего месяца (но если знаете точную дату, то можно ставить ее. Почему 1 число? Чтобы не было проблем с НДФЛ удержанным, т.к если стоит, скажем 10.02, а выплачиваете 3.02, то в выплате на закладке НДФЛ удержанный будет пусто).
5. Выплачиваем ЗП с помощником Выплата ЗП , если по каким-либо причинам используем помощник Межрасчетные выплаты при выплате ЗП за прошлый месяц, то ставим галочку НДФЛ из документа (документ указываем).
При этой схеме все красиво. В выплате учитывается только НДФЛ удержанный.
ВАЖНО!
Нельзя перепроводить и пересчитывать документ НДФЛ, если проведены ведомости на выплату датой больше даты НДФЛ. (например, НДФЛ 31.01, ведомость 01.02). В таком случае нужно отменить проводки всех выплат, которые имеют большую дату, пересчитать НДФЛ, а затем вновь обновить данные табличных частей выплат и провести их (простого перепроведения не достаточно, т.к. могут измениться рубли в разбивке по источникам и пр.)
Ну а с вычетами можете решить, как вам удобно... Решается галочкой НЕ применять вычеты к доходам следующего, либо текущего месяца в настройках НДФЛ и Выплат.