Здравствуйте! Программа не учитывает предел по 327 вычету в максимальной сумме дохода 120000 руб. т.е. на сумму больше этой, вычет не должен предоставляться. Как это реализовать в программе?

Проверьте, чтобы в документах Перечисление сумм ДСВ стояла настройка Предоставлять вычет. В документах НДФЛ будет видно сумму вычета. Также, при необходимости  можно воспользоваться документом Корректировка. Но вычет должен отработать, если Применять вычет был установлен.