Здравствуйте! Когда сотрудники увольняются по внутреннему совместительству и в дальнейшем производим расчет отпуска, то в расчете отпуска на закладке " Общие" в окнах "Учитывать отработанное время по " и " Учитывать базу по " выходит  внутреннее совместительство, а оно уже в отпуск включаться не должно.Как сделать, чтобы корректно отображалась информация?

Добрый день. Да, поле внутреннего совместительства присутствует, но по умолчанию флаги не проставляются, поэтому на расчет никак не влияют.
Через 12 месяцев после увольнения, период для расчета изменится и данного поля не будет. Это верное поведение программы.