Сотрудник увольняется 11.01.2021 года. Ему начисляется компенсация за неиспользованный отпуск 8000 руб (код дохода 2013). Ему надо удержать зар.плату за 30 и 31 декабря, в связи с больничным - 1000 руб (код дохода 2000). Подскажите, пожалуйста, есть ли возможность в программе корректно поменять коды дохода с 2000 на 2013, во избежание минусов в справке 2-НДФЛ?

Здравствуйте.

Не получится сторнировать излишненачисленную заработную плату по коду дохода 2000 с кода дохода 2013.
В Вашей ситуации лучше произвести перерасчет заработной платы декабрем, пересчитать НДФЛ и страховые взносы.