Здравствуйте! Подскажите, может, кто-нибудь уже сталкивался с такой ситуацией.
Релиз 3.5.35.4. Увольняем сотрудника 17 января 2014г. Начислено: Оклад=822 руб., компенсация отпуска = -11374 руб., матпомощь( необлагаемая до 4000 руб) = 11000 руб. При расчете НДФЛ с установленным в настройках флажком "возвращать излишне удержанный налог" столбец НДФЛ не заполняется вообще. Хотя сумма дохода и скидка на мат.помощь(4000руб) заполнены.

Каким образом в январе может быть излишне удержанный налог? И кто его должен вернуть?

Включите начисление компенсации за неиспользованный отпуск в декабрь прошлого года и пересчитайте налог за прошлый год.

Как можно включить начисление в декабрь прошлого года, если реально оно сделано в январе текущего? При том, что организация бюджетная, отчетность за 2013 год сдана, в ней этого начисления нет.
И вообще, вопрос был о том, почему не рассчитывается правильно налог с минусовой суммы.

Потому что налог, рассчитанный с начала года, не может быть отрицательным.

Видите ли, Mon149, формы отчетности в налоговую и ПФР не допускают отрицательных значений, как таковых. Поэтому Вам придется корректировать периоды, в которых была начислено больше: для налоговой - 2013 год, для ПФР - 4 квартал 2013.
Переносите сумму компенсации в декабрь 2013. Пересчитываете "Конец месяца". Так как отчетная компания за 4 квартал 2013 в ПФР закончилась, то корректирущую форму придется сдавать с отчетностью за 1 квартал 2014. Занесите в корректирующую только этого сотрудника, при этом важно, чтобы сумма оплаты взносов не менялась, а то придется сдавать еще на кого-нибудь, чтобы перенести сумму освободившейся оплаты. Есть еще небольшой нюанс: не повлияет ли этот перенос сумм на границу максимально облагаемой базы. Когда сдадите отчетность за 1 квартал 2014 можно будет вернуть компенсацию обратно в 2014, а до этого - ни-ни
С налоговой проще, так как отчет можно исправить в любое время. Переносите документ в месяц, когда начисляли отпускные в 2013 году. Важно, чтобы коды у начислений отпускных и компенсации были одинаковые. Делаете справку на сотрудника под тем же номером, под которым сдали реестр (если сдали...). Сумму НДФЛ возвращаете этим годом удержанием простым, отнесенным на НДФЛ прошлых лет красным. Сумму начисленой, удержанной и уплаченной должны совпадать. И справку 2-НДФЛ за 2014 год выдайте ему на руки без отрицательной компенсации.
В бухгалтерском учете придется писать справку для снятия с расходов ошибочно начисленных сумм с указанием причины: Д-т401 К-т 302 сумма красной.