Для того чтобы два табеля разрешить проводить нужно будет изменить регистр "Графики работы". Просто добавить колонку не получится если нужно выделить начисление по госзаказу. Нужно будет переделать помощник расчета табеля.
Если не изменять конфигурацию
1. Использовать время сверхурочное. В табеле учета рабочего времени время работы по госзаказу записать в сверхурочное время, сотруднику добавить надбавку "Оплата сверхурочной работы" 100% от ставки и выбрать начисление и статью затрат для Госзаказа.
Минимальные изменения
2. Может быть возможен вариант приема сотрудника по совместительству в фиктивное подразделение? Создать группу справочника условно "Подразделение1", в нее перенести подразделение сотрудника где он работает "Подразделение1" и добавить фиктивное подразделение "Подразделение 1 Госзаказ". Принять сотрудника по совместительству в "Подразделение1 Госзаказ", можно в приеме выбрать начисление, статью затрат отличные от основной работы. В табеле учета рабочего времени будет две строки по сотруднику, в расчете табеля две строки. В расчетном листке есть возможность развернуть суммы по начислениям. Свод универсальный можно сформировать с итогами по группам подразделений (для этого и создавали группу в справочнике Подразделения). Предложенный вариант практически не требует изменения конфигурации, но может не устроить расчетчика, по факту ведь сотрудник работает в одном подразделении. Нужно будет изменить расчетный листок, сейчас для такого варианта расчета отработанные дни будут просуммированы.

Какое отработанное время, время сверхурочное и норма времени?

Если будет сверхурочная работа, тогда этот вариант не подходит.

Не установлен ли у Вас флаг "округлять среднечасовой заработок для оплаты сверхурочного времени до копеек" в настройке табеля?