Здравствуйте!
При выплате заработной платы не показывается задолженность по месяцам, несмотря на то, что установлен флажок "учитывать задолженность с". Программа выдает сообщение, что задолженности не существует, хотя задолженность есть однозначно. Об этом говорит свод начислений, удержаний, выплат. Подскажите, пожалуйста, какие необходимо установить настройки, чтобы в окне "Выплаты зарплаты" была видна задолженность по месяцам

Возможно, Вы установили какие-либо отборы?
Проверяйте табличку "произвести выплату": как установлен переключатель? Установите "по всем источникам" и "по всем подразделениям".