В начислении простом ндфл правильный, но потом в начислении зп ндфл по коду 2000 увеличен на этот вычет. В регистрах учета НДФЛ нет вычета, хотя НДФЛ в самом простом начислении правильный.
В документе "Начисление простое" НДФЛ не считается, "увеличен на этот вычет" - какой вычет?
"В регистрах учета" - это про какие регистры идет речь?