Если сотрудник в декабре 2015 был на больничке и получал зарплату, то по сотруднику двоит налог. Наверное, надо свернуть доход по сотруднику по регистру зарплаты.

Проиллюстрируйте скриншотами, где идет задвоение налога?

В запросе модуля формы документа НДФЛ-6

Добрый день!
Можете скопировать текст (часть текста) запроса, который вызывает сомнение?

Процедура ДействияФормыРассчитать

....

Если ВключатьВыплаты Тогда

Запрос.Текст =
"ВЫБРАТЬ РАЗРЕШЕННЫЕ РАЗЛИЧНЫЕ
| МИНИМУМ(НАЧАЛОПЕРИОДА(ВыплатаТаблицаДокумента.Ссылка.Дата, ДЕНЬ)) КАК Дата,
| ВыплатаТаблицаДокумента.Сотрудник КАК Сотрудник
|ПОМЕСТИТЬ ВТ_Сотрудники
|ИЗ
| Документ.Выплата.ТаблицаДокумента КАК ВыплатаТаблицаДокумента
|ГДЕ
| ВыплатаТаблицаДокумента.Ссылка.Период = &Период
| И ВыплатаТаблицаДокумента.Ссылка.Фирма = &Фирма
| И ВыплатаТаблицаДокумента.Ссылка.Дата >= ДАТАВРЕМЯ(2016, 1, 1)
| И ВыплатаТаблицаДокумента.Ссылка.Проведен
| И ВыплатаТаблицаДокумента.Выдано = ЗНАЧЕНИЕ(Перечисление.ПризнакВыплаты.Выплачено)
| И 1 = 1
| И 4 = 4
|
|СГРУППИРОВАТЬ ПО
| ВыплатаТаблицаДокумента.Сотрудник
|;
|
|////////////////////////////////////////////////////////////////////////////////
|ВЫБРАТЬ
| ВТ_Сотрудники.Дата КАК ДатаУдержНал,
| ДАТАВРЕМЯ(2015, 12, 31) КАК ДатаФактДох,
| ДОБАВИТЬКДАТЕ(ВТ_Сотрудники.Дата, ДЕНЬ, 1) КАК СрокПрчслНал,
| ЕСТЬNULL(РегистрЗарплатыОбороты.СуммаОборот, 0) КАК ФактДоход,
| ЕСТЬNULL(НДФЛОбороты.НалогОборот, 0) КАК УдержНал
|ПОМЕСТИТЬ ВТ_Данные
|ИЗ
| ВТ_Сотрудники КАК ВТ_Сотрудники
| ЛЕВОЕ СОЕДИНЕНИЕ РегистрНакопления.НДФЛ.Обороты(
| ,
| ,
| ,
| Фирма = &Фирма
| И ПериодДействия = &Период
| И ТипДохода = ЗНАЧЕНИЕ(Справочник.ТипыДоходов.НДФЛ13)
| И 2 = 2) КАК НДФЛОбороты
| ПО ВТ_Сотрудники.Сотрудник = НДФЛОбороты.Сотрудник


//здесь надо сгруппировать по сотруднику
| ЛЕВОЕ СОЕДИНЕНИЕ РегистрБухгалтерии.РегистрЗарплаты.Обороты(
| ДАТАВРЕМЯ(2015, 12, 1),
| ДАТАВРЕМЯ(2015, 12, 31, 23, 59, 59),
| ,
| Счет = &СчетИст,
| ,
| Фирма = &Фирма
| И 3 = 3,
| КорСчет = &СчетДох,
| ) КАК РегистрЗарплатыОбороты
| ПО ВТ_Сотрудники.Сотрудник = РегистрЗарплатыОбороты.КорСубконто1
|ГДЕ
| РегистрЗарплатыОбороты.КорСубконто2.ТипДохода = ЗНАЧЕНИЕ(Справочник.ТипыДоходов.НДФЛ13)

Не вижу ничего в запросе такого, что может удвоить данные.
Лучше бы копию базы с примером или пример моделирования ошибочной ситуации.

Во вложении таблицы из базы и результат запроса

Прикрепил архив

В запросе 6-НДФЛ нет никаких разрезов при получении данных из регистров, просто оборот за период.
В приведенном файле выведены данные регистров по всем разрезам.

Могу предоставить доступ по тимвьюверу, чтобы Вы могли убедиться, что разрез получается по виду дохода, из-за условия РегистрЗарплатыОбороты.КорСубконто2.ТипДохода = ЗНАЧЕНИЕ(Справочник.ТипыДоходов.НДФЛ13) "снаружи" виртуальной таблицы обороты

Запрос был переделан, для получения данных по доходу сотрудников в отдельной временной таблице.
Базу можно пока не предоставлять. Надо теперь дождаться, когда измененный запрос попадет в релиз.

Во вложении скриншот документов

Такая ошибка также возникла в релизе 3.0.81.6. Подскажите, плз, данная ошибка в релизе 3.0.81.7 исправлена?