Пользователь все время работы с программой не обращал внимания на правильное указание периодов при выплате зарплаты. Правильно ли я понимаю, что это вылезет боком при формировании 6-НДФЛ? Каким образом это проще всего выправить на начало года? Если это вообще возможно.

В выплате поставьте "учитывать всю задолженность".
На 6-НДФЛ повлиять может (в теории).

Нашел в документе "Корректировка" помощник "Перенос остатков невыплаченной зарплаты". Думаю попробовать его - занести 31.12.15 и перенести все долги в декабрь 2015. На 6-НДФЛ, наверное, повлияет не только в теории - если, к примеру, выплата, произведенная в феврале, будет думать, что она является выплатой за ноябрь 2015, а не за январь 2016.