Посмотрите, пожалуйста!
Если очередной отпуск у сотрудника рассчитан с распределением по подразделениям, то в помощнике Межрасчетные выплаты для этого сотрудника подбирается только одна строка по первому подразделению. А по второму подразделению информация не подбирается. Соответственно НДФЛ тоже рассчитывается не на всю сумму отпускных.
Регистр "База для НДФЛ" расчетом отпуска заполняется правильно.
Решил посмотреть, как ведет себя в этой ситуации помощник "Выплата зарплаты". Результат такой: в расчет попадают суммы по всем подразделениям сотрудника. Расчет НДФЛ с отпускных производится по подразделениям сотрудника правльно. Интересно, что в ТЧ Выплаты показываются строки с начисленными суммами и строки с рассчитанным НДФЛ со знаком "-"(минус). Зачем такое задвоение? Показать итоговую сумму к выдаче и достаточно.