В обработке Удержание процентом при выборе сотрудника в табличной части значение подразделения равно последнему сохраненному значению предыдущего документа из реквизита Отнести на подразделение. Почему нельзя при выборе сотрудника брать подразделение из его кадровых сведений?

Поставьте настройку "Учитывать по всем подразделениям" и "распределить по подразделениям" тогда будут удержания там же, где начисления (как раз согласно кадровым приказам).
А если просто брать из кадровых сведений сотрудника, может случиться ситуация, что он устроен в дном подразделении, а, например, весь месяц по нарядам работал в другом. Начисления будут в одном подразделении, а удержания в другом...