ФЛ работает по договору подряда без проведения документа о приеме. Документ "Договор" в базе проведен, в документе указано подразделение.
При формировании документа НДФЛ не указывается подразделение у ФЛ работающим по договору подряда и ,как следствие, возникает ошибка "не указано подразделение"
Для формирования документа приходится вручную указывать подразделение для этих ФЛ, иначе сформировать НДФЛ нельзя.

Возможны варианты решения данной проблемы?

Попробуйте: