У сотрудницы не правильно считается средний заработок для командировок. Она была в отпуске по уходу за ребенком до 1.5 лет с 04.02.10 по 04.08.11, и в отпуске по уходу за ребенком до 3 лет с 05.08.11 до 05.02.12. Программа при расчете среднего заработка ставит суммы правильные, а дни ставит только январь и февраль 2012 года, когда она была в отпуске до 3 лет.

Подскажите где искать ошибку? что не так ?

В январе 2012 - феврале 2012 сумм быть не может, так же как и отработанных дней. Этот период не входит в расчет среднего заработка.
Расчетный период начинается с марта 2012 года. Командировка рассчитывается в рабочих днях по табелю.
Рабочие дни при расчете командировки берутся из документа "Табель".