при проведении документа выплата ( у сотрудника внутреннее совместительство ,разные подразделения) 
все подразделения проставлены верно (и  в карточке сотрудника и в документе ) , но при проведении и указании "выплачено" , формирует проводки по ндфл не правильно- по 1 подразделению.
в проводках ндфл -все равно одел продаж везде автоматом проводит (раньше такого не было) это влиет на свод по сотруднику- разрывает суммы между подразделениями -валазят минуса между подразделений из-за этого

В документе "выплата" откройте "настройку НДФЛ".
Что выбрано в распределении в части подразделений?

вот

Это и есть ответ на ваш вопрос. НДФЛ весь отнесен на подразделение, указанное в кадровых сведениях.
Справочник - фирмы - закладка "расчет НДФЛ". Установите "распределять по подразделениям".
После этого, обновив настройку ндфл в выплатах, пересчитайте документы.

теперь рвет по источнику дохода .
если оставить отнести на - выбор только одно источника , а их два (основной и совместититель) 
если вообще убрать данную строчку и никуда не относить - в своде еще больший раздрай , тк начисления ведутся верно по источникам и подразделениям, а выплата не ложится на источник. 

Точно так же - установите "распределять по источникам".