При создании документа Перечисление НДФЛ, с заполнение за прошлый период, данные не попадают в Налоговый регистр по НДФЛ.
подскажите может делаю что-то не так, есть какой-то алгоритм?

Здравствуйте.

В настройке отчета Налоговый регистр по НДФЛ необходимо установить флажок "Анализировать документы Перечисление НДФЛ на дату" и ввести текущую дату.

не помогло

Ситуация проверялась на релизе 3.0.69.2 - № и дата платежного поручения отражается в Налоговом регистре по НДФЛ.
В документе Перечисление НДФЛ проверьте период, за который перечисляете налог.
Если ситуация не решится, дозванивайтесь на ЛК (4842)59-18-44, предварительно на компьютер установите программу удаленного доступа. Специалист линии консультаций к Вам подключится и поможет решить проблему.