Добрый день. Как правильно в программе оформить излишне отгулянный отпуск при увольнении и НДФЛ с него. Например сотрудник должен 9,36 дн.

Добрый день.
Если у вас минус, то это всегда минус в НДФЛ и страховых взносах. А отсюда пояснения в ИФНС и не принимают отчеты с минусом (возвратом из ИФНС).
Поэтому всегда рекомендуется "спрятать", т.е. отразить сторно в том месяце, когда есть плюс. Если есть в месяце увольнения плюс по 2000 коду (зарплата), то можно начисление с минусом сделать на начисление, с кодом 2000, например, в справочнике начислений создать новое и назвать Отпуск сторно. При расчете НДФЛ, будет зп с плюсом и отпуск сторно, в итоге 0 или небольшой НДФЛ с зарплаты. Можно "открыть" прошлый месяц и провести сторно в нем. Можно и сформировать НДФЛ с минусом, затем в ИФНС отчитаться о невозможности удержать. Формируете выплату зарплаты с настройкой Полный расчет с начала года и Возвращать излишнеудержанный. На закладке Расчет НДФЛ программа рассчитает с минусом, на закладке Удержанный НДФЛ суммы с минусом. Сумму к выплате изменить на 0 (он вам ничего еще не вернул в кассу). Обратите внимание, еще есть страховые взносы, отчет с минусом (РСВ) у вас точно не примут, он даже не пройдет проверку соотношений. 

А какие настройки сделать на начисление Отпуск сторно, чтобы это начисление "схлопнулось" с зарплатой?Например, зарплата начислена 36196, долг по отпуску 16082,17(с НДФЛ?). я так понима., что задолженность необходимо поставить на код 2000 и назвать отпуск сторно, но как сделать его с минусом?

Добрый день
Верно, создать начисление с видом дохода 2000. Создать начисление суммой и внести сумму с минусом.