Подскажите,пожалуйста, произошла счетная ошибка, излишне начислена сумма з/пл, Сделали перерасчет, оформили возврат в кассу, а сумма НДФЛ не перерасчитывается. 

Есть документ "Корректировка" с помощником "Корректировка НДФЛ". Для вашего случая видимо надо минусовать НДФЛ исчисленный. Попробуйте сначала на копии базы такой вариант.

Добрый день.
Документ Выплата с помощником Выплата первой половины, в настройках установить Корреткировка и вести отрицательные суммы вручную.
Документ Выплата с помощником Выплата зарплаты, с настройкой Полный расчет, возвращать излишнеудержанный.
Также можно попробовать документ НДФЛ с настройкой Полный расчет, возвращать излишнеудержанный.
Предварительно сделать копию базы. Документ Выплата и НДФЛ с настройкой Полный расчет, создавать на одного/данного сотрудника, в том периоде, когда есть положительные суммы для расчета НДФЛ.