В программе расчета заработной платы используются Помощники, значения реквизитов которых хранятсяв базе в Хранилище значений. А при удалении помеченных объектов проверки ссылочной целостности в Хранилище значений не производится. Поэтому при выполнении операции удаления помеченных объектов возникают неразрешенные ссылки. Что делать?

В программе расчета зарплаты для удаления помеченных объектов используется обработка, которая не позволяет произвести групповую выборочную пометку объектов для удаления, как это реализовано в программах 1С. Можно только выделить(снять пометку) все объекты. Или вручную снимать(устанавливать) пометку построчно. Это неудобно. Приходится использовать внешнюю обработку.
Может быть стоит обновить обработку, включенную в конфигурацию?

Присоединяюсь к топику, возникла проблема с удалением данных.

Точно. Проблема удаления в случае использования ХранилищаЗначений существует. Особенно эта проблема актуальна при удалении из справочника Сотрудников.