В апреле приняли сотрудника в у которого вычет на детей 12тыс, программа ставит двойной вычет, и ндфл вообще не удерживает. Это правильно?
А в своде пишет ндфл.

Добрый день. Сотруднику положены вычеты с апреля по 12000 ежемесячно (в данном случае 12000 за апрель и 12000 за май). Вычеты применяются в сумме не превышающей сумму дохода. Сформируйте, например, Регистр налогового учета по НДФЛ или отчет Вычеты сотрудников для анализа корректности предоставления вычетов.

Но считаю я зарплату за апрель

Если зарплата за апрель выплачивается в мае, то это и будут уже вычеты мая.

Вектор

В апреле приняли сотрудника в у которого вычет на детей 12тыс, 

Не забудьте ещё, что этот вычет -- дополнительный.
Т.е. надо применить как "Вычет на первого (второго, и т.д.) ребёнка", так и "Вычет на ребёнка-инвалида".