Здравствуйте, подскажите как правильно оформить в программе прием человека в качестве ученика с его последующим переводом в сотрудники.

Добрый день!

В программе не реализован отдельный вид договора: УЧЕНИЧЕСКИЙ.
Поэтому, для решения сложившейся у Вас ситуации, необходимо в справочнике "Начисления" создать отдельное начисление, например, "Договор ученический", с заданными параметрами «Вид дохода», «Вид дохода для страховых взносов» и т.д. согласно действующего законодательства.
В справочнике "Сотрудники", для удобства, можно создать отдельную папку, например "Ученический договор", и в эту папку добавлять физ. лиц, получающих стипендию по данному виду договоров без приема на работу.
Начисления такого рода договоров для физ. лиц производится с помощью документа "Начисление простое" без использования помощника расчета в суммовом выражении.
Выплачивать данное начисление следует документом "Выплата" с помощником "Межрасчетная выплата" по начислению или по документу. Только в этом случае физ. лица по ученическим договорам не будут попадать в отчет СЗВ-М, но по ним будет рассчитан и удержан НДФЛ с последующим отражением в отчетах 6-НДФЛ и 2-НДФЛ.
После окончания обучения этих физ. лиц следует принять по основному месту работы документом «Прием» и в справочнике «Сотрудники» перенести из папки «Ученический договор» в папку «Сотрудники» с основными сотрудниками организации.