Остатки по заработной плате на начало 2017 за старые периоды убраны докуменом "Прочие расчеты" - "Расчеты по депонентам.", при формировании свода универсального на конец текущего периода эти остатки выходят снова.
В чем может быть причина?

Что такое "Остатки по заработной плате на начало 2017 за старые периоды"? Распишите подробнее. Например, сальдо по сотруднику = 0, а по периодам фигурируют суммы, или по источникам?

galiurust

Остатки по заработной плате на начало 2017 за старые периоды убраны докуменом "Прочие расчеты" - "Расчеты по депонентам."

ИМХО вы что-то не то сделали.
Если у вас оставалась невыплаченная зарплата, её следовало задепонировать (т.е. перенести на депонент). Это делается документом "Выплата" с установленным внутри него статусом "Депонировано".
При этом задолженность по указанной сумме зарплаты обнуляется (с точки зрения ТК РФ зарплата считается выплаченной), а сумма переносится на долг по депоненту -- т.е. расчёты с сотрудником как прочим кредитором.

P.S. "Прочие расчеты / Расчеты по депонентам" выполняет обратное действие -- отражает выплату ранее задепонированных сумм.