1. Срок перечисления налога - не определен. Что это значит и как устранить такую запись?
2. Где можно почитать о настройках данного отчета? Я имею в виду виды выплат.
3. В отчете нет описания.
4. Не сохраняются настройки.
5. Допустимая глубина даты "Учитывать удержанный НДФЛ (выплату з/п) по"?

С п.1 разобрался. Сотрудник три месяца после увольнения не получал Компенсацию за неиспользованный отпуск.

Несоответствие 4459 зафиксировано и передано в отдел разработки (что нет описания).
Какие настройки не сохраняются?
Дату Вы указываете ту, по которую необходимо подтягивать удержанный налог в отчет.