Сотрудник уволен 11 февраля 2016 года, деньги выплачена 11.02.2016 г.
При формировании 6-НДФЛ за 1 квартал 2016 г. во втором разделе формирует
зарплата за январь
стр.100 31.01.2016
стр.110 25.01.2016
стр.120 26.01.2016
зарплата за февраль
стр.100 11.02.2016
стр.110 11.02.2016
стр.120 12.02.2016
компенсация за неиспользованный отпуск
стр.100 29.02.2016
стр.110 29.02.2016
стр.120 29.09.2016
Не могу понять почему так формирует, что надо проверить или какие настройки посмотреть?

У вас на компенсацию какой код вида дохода установлен? Рекомендуется устанавливать 4800 (и НДФЛ при выплате), тогда даты будут как в зарплате за февраль.