Почему то начиная с июля, когда формируется НДФЛ у сотрудников, у которых были больничные листы, эта сумма НДФЛ с больничного ее нет в отчете?

Боюсь при такой грамматике вряд ли кто рискнет ответить. Извините за прямоту.

НДФЛ с больничных должен появиться в отчетах только после его выплаты, то есть проведенной, выплаченной Выплаты, в которой будут записи об удержании НФДЛ с суммы больничного в соответствующих закладках.
Если Выплаты сделаны, то уточните в каком отчете. Проверьте эти суммы в других отчетах по НДФЛ.