Нужно просто пометить сотрудников на удаление. Чтобы потом стандартной обработкой удалить тех кто не проходил по документам

На ИТС есть универсальная обработка для 7.7, здесь: Пометка на удаление неиспользуемых объектов

Есть нюанс. Эта обработка пометить на удаление только элементы справочника Сотрудники. Для полного удаления нужно еще удалить и документы сотрудников. Если помечать на удаление сотрудников в интерактивном варианте, то могут удалиться и документы нужных сотрудников.