Такой случай:
В Январе выплачен аванс с ручными изменениями, поскольку начислений просто нет
(ВидДохода - 2000)

Теперь на рассчитывается НДФЛ в документах ПрочиеДоходы при ставке 13%
(ВидДохода - 4800)

Кажется, программа (обработка) зачем-то при этом учитывает НДФЛ из документа Выплаты и не начисляет его.

Прилагаю демо-конфигурацию из поставки с смоделированным случаем

Хомякову выплачен Аванс, в ПрочихДоходах за Проездные билеты нет НДФЛ
(если поставить большую сумму, например 200000, то НДФЛ рассчитается, поскольку больше авансового) 

Добрый день. Выплата должна быть с помощником Выплата зарплаты или Межрасчетная выплата, ручных изменений делать не нужно. Аванс (сумму вручную) не нужно. Есть начисление - есть выплата, с которой рассчитан НДФЛ и НДФЛ рассчитывается нарастающим итогом с начала года.
Описание к релизу:
С 1 января 2023 года в программе НДФЛ со всех доходов будет рассчитываться при выплате.
Необходимо выполнить начисление и затем произвести выплату зарплаты или межрасчетную выплату,
в которой будет рассчитан и удержан НДФЛ.
Расчет налога в документе «НДФЛ» с 2023 года не производится.