У сотрудника есть кадровые документы

Прием №1
Изменение №2
Индексация №3
Индексация №4
Индексация №5

При отмене проведения Индексация №5 восстанавливается Ставка из последнего Изменения (или Приема), а не из Старой Ставки из Индексации №5,
при этом Индексация №3 и №4 игнорируются

Проверено, ошибка не моделируется.
Откройте через гл меню - отчеты - внешние отчеты и обработки. В группе "кадровые отчеты" воспользуйтесь обработкой "Кадровые документы сотрудников".

Обработка предназначена для просмотра списка кадровых документов по каждому сотруднику и,при необходимости, их корректировки.
Корректировка необходима в случае, если в процессе работы произошло некорректное заполнение какого-либо кадрового документа. Например, данные,
указанные в документе "Изменение" в разделе "Было" не соответствуют данным предыдущего кадрового документа.
В результате этого возможно неправильное отражение должностей и ставок сотрудников в справочнике "Сотрудники", а также неверный расчет табеля.
Корректировка последовательно проверяет всю цепочку кадровых документов сотрудника, при необходимости изменяет реквизиты документа и перепроводит его.
Корректировку можно выполнить по всем сотрудникам, находящимся в таблице или по одному сотруднику, при этом можно корректировать все документы или начиная с конкретной даты.
Перед выполнением корректировки необходимо сделать архивную копию базы данных.