После обновления программа не рассчитывает ндфл документом НДФл а также при межрасчетной выплате. Какой порядок действий чтобы  программа рассчитала НДФЛ.

С 1 января 2023 года в программе НДФЛ со всех доходов будет рассчитываться при выплате. Необходимо выполнить начисление (сформировать и провести документ "Табель", либо любой другой документ начисления) и затем произвести межрасчетную выплату, в которой будет рассчитан и удержан НДФЛ.
Удержание НДФЛ при выплате всех начислений, которые подлежат обложению НДФЛ, осуществляется через документ "Межрасчетная выплата" с флагом "Провести НДФЛ". Непосредственно выплата проводиться документом "Касса" той же датой, что и межрасчетная выплата с рассчитанным НДФЛ. 
Для отражения фактически предоставленных вычетов в конце расчетного месяца необходимо сформировать документ "Налоги".

Добрый день! Если провести оба документа - Межрасчетная выплата и Касса, как Вы указали, то проходит двойная выплата!

В межрасчетной выплате не нужно устанавливать флаг "Выплачено", а только флаг "Провести НДФЛ"

А какой смысл тогда делать второй документ - Касса, если по Межрасчетной выплате все проводится?

В случае наличия прочих доходов, необлагаемых доходов, удержаний по исполнительным листам, рекомендуется расчет ндфл делать документом "Межрасчетная выплата" с подбором начислений, а саму выплату проводить документом "Касса". В простом случае можно проводить выплату сразу в документе "Межрасчетная выплата".