Добрый день!
Табель на аванс не делаем, ТУРВ не ведем. Формируем выплату за первую половину месяца. В нее попадают сотрудники, у которых отработан один день, например 15/09, остальное - отпуск. 
При этом сотрудники, которые ушли в отпуск с 02/09 в выплату не попадают, хотя у них отработан так же один день. В моем понимании ни те, ни другие аванс получать не должны. С чем это может быть связано? Все настройки стоят.

Добрый день.
В указанной ветке Кадры бюджетного учреждения нет выплаты.
Выплата первой половины оплачивается за отработанное время. Даже если сотрудник отработал 1 день, ему положен аванс.
При моделировании по указанным данным, оба сотрудника добавляются в выплату по кнопке Подбор. К оплате по 1 дню.

С веткой ошиблась, прошу прощения.
Мы формируем кнопкой Заполнить. Я согласна, они должны "вставать" одинаково. 

По кнопке Заполнить, у меня ничего не изменилось.
Уточните точные даты отсутствия сотрудников, сформируйте отчет Неотработанное время (раздел Учет времени).

добавляла по одному.

Проверила с такими же датами отпуска, заполняются.
У вас в настройках отбор стоит по СФ. Проверьте, возможно у сотрудника другая.
Других предположений нет. Заполнение на актуальном релизе 91.2 происходит.

Дозванивайтесь на ЛК (4842)27-97-44 с 09:00 до 17:00 по МСК. Предварительно на компьютер установите ПП удаленного доступа Ammyу Admin или Anydesk.
Или присылайте базу по эл почте hotline@kaminsoft.ru.