Почему при формировании свода универсального появляются ранее уволенные сотрудники по которым нет ни сальдо, ни начислений, ни выплат в текущем периоде?

Данные по сотрудникам выводятся в отчет, т.к. у них имеются остатки по заработной плате (сальдо). Сальдо не видно, т.к. в общем по сотруднику оно нулевое, но его можно увидеть в Своде универсальном с аналитикой по источникам доходов, по подразделениям, по статусам работы и т.д.

Для закрытия сальдо необходимо сформировать документ "Выплата", в Настройках установить флаг "Учитывать задолженность", подобрать сотрудников. По каждому сотруднику появятся положительная и такая же отрицательная сумма по разным аналитикам. В документе по каждому сотруднику итоговые суммы выплат должны быть равны нулю.

Либо можно воспользоваться документом "Перенос остатков невыплаченной зарплаты" (закладка Удержания, выплаты). Выбрав в нём всю аналитику и перенеся все остатки на один период, подразделение, статус работы и источник.