Например, сотруднику выдали аванс в документе «Выплата» с видом «Выплата зарплаты за первую половину месяца» 10 тыс. рублей. С данной суммы произошел расчет НДФЛ. По итогу месяца сотруднику была начислена заработная плата, которая оказалась меньше суммы выданного аванса и составила 8 тыс. рублей.

В данной ситуации есть два способа решения:

1. Добавить сотрудника в документ «Выплата» с видом «Выплата зарплаты» за данный месяц. Очистить сумму к выплате и указать 0. На вкладке «Расчет НДФЛ» при этом произойдет перерасчет налога, а именно сумма дохода и НДФЛ будут отрицательными. На вкладке «Удержанный НДФЛ» флаг «возврат» в таком случае ставить не нужно. Сама сумма переплаты зачтется в следующей выплате заработной платы при наличии положительного дохода по сотруднику.
2. Не добавлять сотрудника в документ «Выплата» с видом «Выплата зарплаты» за текущий месяц, а добавить при окончательном расчете за следующий месяц. Обязательно установить флаг «учитывать задолженность» и указать дату предыдущего месяца. Сумма переплаты зачтется в сальдо к выплате, а на вкладке «Расчет НДФЛ» также произойдет перерасчет налога, но только уже без отрицательных сумм, так как у сотрудника уже будет доход за этот месяц.