Согласно письму ФНС России от 25.02.2016 № БС-4-11/3058@, в разделе 2 расчета по форме 6-НДФЛ за соответствующий отчетный период отражаются те операции, которые произведены за последние три месяца этого отчетного периода. В случае если налоговый агент производит операцию в одном отчетном периоде, а завершает ее в другом отчетном периоде, то данная операция отражается в том отчетном периоде, в котором завершена. Если зарплата за декабрь выплачена в январе, то данная операция в разделе 1 Расчета за 1-й квартал не отражается, а отражаются выплаты в разделе 2 расчета 6-НДФЛ за этот отчетный период в строках 100-140.

На закладке Настройки есть возможность установки флага «Заполнять строку 090 отрицательными суммами налога». При установленном флаге в строку «090» попадут все возвраты налога, если в документах НДФЛ был установлен флаг «Возвращать излишне удержанный налог». В раздел 2 эти суммы включены не будут. При снятом флажке отрицательные суммы попадают в раздел 2 и выдается предупреждение. Строка «090» при этом не заполняется.

При установленном флаге не добавлять в раздел 1 и раздел 2 необлагаемые доходы (не превышающие скидку) и не добавлять в раздел 2 доходы с нулевой суммой налога, в разделы 1 и 2 не будут добавлены доходы, по которым сумма дохода не превышает суммы скидки и налог равен 0 (например, подарки или материальная помощь до 4000 рублей с начала года), в раздел 2 не будут добавлены доходы, для которых сумма налога равна 0 (любой доход с нулевой суммой налога).

Для проверки сумм, указанных в разделе 2 воспользуйтесь Отчетом «Сравнение НДФЛ рассчитанного и удержанного», позволяющий получить информацию о рассчитанном и удержанном НДФЛ.